Existuje devět výzev, na které je třeba se zaměřit při začleňování probiotik do potravinových matric. Jsou to: 1. výběr kmene, 2. produkce kmene, 3. jak naočkovat potraviny, 4. jak zajistit přežití během zpracování, 5. jak se vyhnout ztrátě životaschopnosti během skladování, 6. jak vypočítat počet kolonií [probiotik], 7. Účinky na smyslové vlastnosti potravin, 8. Stabilita [zachování produktu] v domácnostech spotřebitelů, 9. A hrát roli v gastrointestinálním traktu.
Konkrétně v džusech organické kyseliny často snižují pH produktu pod 4, což inhibuje přežití probiotik. Při výběru by měla být zvážena ta probiotika, která tolerují nízké pH, jako je Lactobacillus nad Bifidobacterium.