1. Probiotika vyžadují dlouhodobou a nepřetržitou suplementaci. Prostředí lidské střevní flóry se bude měnit stravou a fyzickou kondicí. Občasné doplnění probiotik nedokáže udržet střevní flóru dlouhodobě ve výborném stavu. Pro alergiky je proto efektivnější užívat probiotika přiměřeně dlouhodobě. Má to velké výhody. Dokáže zmírnit alergické projevy, zlepšit alergickou konstituci zevnitř a snížit výskyt alergií.
2. Úlohou dlouhodobé kvantitativní probiotické suplementace je zvýšení počtu a proliferace střevních probiotik.
3. Probiotika musí projít testem žaludeční kyseliny a žlučových solí, než se dostanou do tenkého střeva. Pokud se tedy nejedná o probiotikum, které projde testem (odolnost vůči žaludeční kyselině a odolnosti vůči žlučovým solím), je velmi důležité zvolit probiotický přípravek s technologií zapouzdření. Technologie tzv. enkapsulace spočívá v přidání vrstvy mikrokapslí k probiotikům. Probiotika musí před vstupem do střev projít několika testy, jako jsou trávicí enzymy, žaludeční kyselina a žluč. Zejména žaludeční kyselina pravděpodobně zabíjí probiotika. Technologie zapouzdření dokáže ochránit probiotika před nepříznivými faktory v těle a lépe se dostanou do střev.
4. Pokud se jedná o probiotický prášek, měl by se užívat s teplou vodou do 45 stupňů Celsia. Pokud teplota tuto teplotu překročí, aktivita probiotik se sníží.
5. Střevní udržovací probiotika by se měla užívat asi půl hodiny po jídle, aby jídlo mohlo naředit žaludeční kyselinu a zvýšit šanci na přežití probiotik. Antialergická probiotika je nutné užívat nalačno, aby se účinné a aktivní kmeny rychle dostaly do střev.
6. Posledním bodem je vyhnout se jeho současnému užívání s antibiotiky, protože antibiotika mají baktericidní účinek a zabíjejí probiotika.