Ačkoli jsou probiotika považována za zdraví prospěšná, u některých lidí může počáteční požití těchto mikroorganismů způsobit řadu nepříjemných příznaků. Při prvním užívání probiotik se u některých lidí mohou objevit příznaky, jako je nadýmání, průjem, bolesti hlavy, horečka, bolesti svalů, mozková mlha a možná i úzkost. Předpokládá se, že tyto symptomy jsou reakcí na změny v těle, jako je zánik potenciálních patogenů nebo reaktivace střevních reakcí, což je jev někdy označovaný jako „Herxheimerova reakce“.
Herxheimerova reakce je počáteční reakcí, která obvykle naznačuje, že se tělo adaptuje na nové mikrobiální prostředí. To může být způsobeno tím, že probiotika interagují s existující mikrobiální komunitou a způsobují smrt bakterií nebo uvolňování metabolitů, které spouštějí tyto příznaky. I když je tato reakce nepříjemná, je obvykle krátkodobá a rychle odezní. Lze si to představit jako součást procesu homeostázy těla.
To obvykle postihuje pouze malý počet lidí, přičemž příznaky jsou mírné a obvykle trvají pouze několik dní až několik týdnů. Pokud jsou tyto příznaky nepříjemné, můžete snížit dávku nebo přestat na několik dní užívat, než to zkusíte znovu; pokud tyto příznaky přetrvávají déle než několik týdnů, přestaňte jej používat; pokud máte dušnost, sevřené hrdlo, kopřivku nebo jiné příznaky alergické reakce, přestaňte jej prosím ihned používat. Aby se snížila možnost nežádoucích účinků, zejména u osob s citlivým trávicím systémem, je rozumné začít s malým množstvím probiotik a poté během několika týdnů dávku zvyšovat.
Probiotika je třeba používat se zvláštní opatrností u pacientů se závažnými imunitními nedostatečnostmi, protože ve vzácných případech může požití probiotik vést k infekci. Je to proto, že imunitní systém nemůže účinně kontrolovat množení mikroorganismů v těle, což způsobuje riziko infekce.
Někteří lidé mohou mít alergické reakce na určité typy probiotik, zejména na kvasinky příbuzné Saccharomyces boulardii. Jiné typy probiotik, jako jsou laktobacily, obvykle alergické reakce nespouštějí.
Některá probiotika mohou produkovat histamin v trávicím traktu. Nadměrné uvolňování histaminu může způsobit příznaky, jako je svědění, zvýšená tvorba slz, rýma, potíže s dýcháním, zarudnutí a otoky, zejména u pacientů s histaminovou intolerancí. Vyhněte se těmto probiotickým kmenům, abyste předešli nepohodlí.